Идея создания варганного ансамбля впервые возникла в августе 2012 года во время проведения первого фестиваля "Варганная клиника" на Байкале. В ходе одной из дискуссий на тему одновременной импровизации двух и более варганистов появилась идея поиграть импровизирующим варганным "оркестром" с дирижером. Тут же была собрана команда из добровольцев, которые под руководством одного человека сыграли довольно интересную музыкальную зарисовку. Затем было исполнено ещё несколько импровизаций разными составами.
          После завершения фестиваля идея о варганном оркестре получила развитие, так появился "Байкальский варганный оркестр". Репертуар коллектива начался с аранжировки норвежской варганной мелодии "Фанген", после записи которой был снят видео клип. В названии ещё фигурирует слово "оркестр", однако, через некоторое время, в силу разных причин, в том числе и из-за небольшого количества участников, оркестр был решено переименовать в ансамбль, что больше соответствовало музыкальным принципам, по которым развивался наш коллектив.
          В январе 2013 года состоялось дебютное выступление Байкальского варганного ансамбля с композицией "Байкальские волны" при поддержке барабанщиков из клуба "Этнобит". Одним из важнейших для ансамбля мероприятий в 2013 году стало посещение двух фестивалей: Варганной клиники в Москве, а затем Норвежского фестиваля традиционной варганной музыки. Длительная подготовка и участие в этих мероприятиях позволила нам значительно поднять уровень исполнительских навыков. Также результатом поездки стала запись второго клипа ансамбля. Место съёмок было выбрано не случайно: привезённая в Осло из города Гуль великолепная деревянная церковь почти наверняка является церковью, в которую ходил Кнут Скага, танцор, по имени которого и получила своё название мелодия "Ротнеймс Кнут", прозвучавшая на видео.
          Весной 2014 года состоялся не только традиционный отчётный концерт, но и запись новых клипов: "Ах, мой милый, Августин" и "Киргизский напев". В первой работе мы постарались сохранить контраст оригинального произведения, в котором чудесная мелодия соседствует с мрачными, полными печали стихами. Основой для "Киргизского напева" послужила мелодия, написанная Ростиславом Мироновичем. Это один из редких, почти уникальных случаев, когда профессиональный композитор создал произведение для ансамбля варганистов.
          В данный момент Байкальский варганный ансамль находится в творческом отпуске.

Основной состав ансамбля, принимавший участие в концертах и записях:
1. Владимир Марков - руководитель, композитор.
2. Валентина Маркова - партии на басовых и теноровых варганах.
3. Анна Родионова - сопрано варганы.
4. Владимир Сидоров - басовые и теноровые партии.
5. Юлия Федорова - деревянные и теноровые варганы.
6. Ирина Богатырёва - басовые и теноровые инструменты, композитор.
7. Марина Мартынихина - средние варганы.

Участники, ранее игравшие в ансамбле:
1. Евгения Коршунова
2. Александр Логутко
3. Юлия Федорова

.